Deberia dar por correcta tambien, "Esta es la ciudad de las iglesias"
No veo por qué colocar "Esta" si en la oración no aparece un "This", me parece que has tenido un confusión con el "It" del principio de la frase.
it es estructural y en este caso suple a: esa, esta, aquella... pero sin ver el contexto de la oración no se ve. I was in Roma. "It" is the city of.... (it hace referencia a Roma, pero no se determina si es esta o aquella... )