"Ich esse den Apfel."

Euh… si c'est un complément d'object direct, par définition, il n'y a pas de préposition (et les prépositions ne changent pas selon le genre).

Si tu demandes quels sont les articles définis, à l'accusatif (cas du COD) singulier le masculin est "den", le neutre "das" et le féminin "die", ces deux derniers identiques au nominatif (cas du sujet).

Apfel est masculin en allemand

Il y'a des mots en allemand qui ne suivent pas de règle précise.

Parce qu'ici, la pomme est l'objet, pas le sujet.