Pelo que vi não tem diferença, para diferenciar tem que entender toda a frase.

Acho que a diferenca é que isst tem um som mais aberto na pronuncia ja o ist tem um som mais fechado, mas dependendo do emprego na frase da pra saber a diferença se pronunciad da mesma forma

Fica porque é ist e não its.

Porque o bist é usado com du.

Isst sim, mas ist não.

Bist é usado com du no verbo Sein (ser, estar). Já o ist é usado na terceira pessoa (er/sie) do mesmo verbo.

Já o isst é a conjugação da terceira pessoa do singular do verbo Essen (comer).