"She will be thinking that you are tired."

Translation: Ona będzie myśleć, że jesteś zmęczona.

[tdjdbdjejd]

"Ona pomyśli, że jesteś zmęczona"/ "Ona pomyśli, że jesteś zmęczony" is also correct.

[tadjanow]

'will be thinking' describes a continuous action, 'pomyśli' is instantaneous

[DavidLindon]

"Ona będzie myślała, że jesteś zmęczony." Is a correct answer, is this not past tense?

[Jellei]

It's fine. The Future Compound can be created two ways: either a future form of 'być' + infinitive, or a future form of 'być' + an appropriate past tense form.