Un peu surprenant mais somme toute logique d'employer ici l'accusatif.

Comme dans guten Tag ou schönen Abend, on sous-entend "Ich wünsche dir/Ihnen... einen" (Je te/vous souhaite).

"schönen Flug!" est bel et bien juste. c'est quand même une autre formulation mais toujours pour dire même chose. N'est-ce-pas? Prière me vérifier cela.