"Ele está no banheiro."

Você está certíssima. Nossos "professores" conseguem confundir 'banheiro' com 'banheira' e, ao que tudo indica, persistir no erro (24/06/17).

Sim você tem razão. Ele está na banheira -> Il est dans la baignoire.

Porque toilettes é sempre usado no plural, assim como óculos em português, que também é sempre plural. Então "au toilette" é algo que nem existe em francês, até porque seria "à la toilette", já que se trata de um substantivo feminino.

Será que você não se confundiu? O problema que eu vejo na sua tradução está na preposição usada. Até onde eu sei, deveria ser "Il est dans la salle de bain". Pelo menos, eu nunca vi usarem "en la salle de bain" (não estou falando do Duolingo, mas de qualquer outro lugar onde eu já tenha visto essa expressão).

Geralmente, para localizar alguém dentro de uma edificação, usa-se dans ou à. En também é usado para localização no espaço, porém isso ocorre mais diante de nomes de países. Em outros casos, digamos que o significado seria mais figurativo do que literal.

Quanto a "Il est dans la baignoire", isso só pode ser mesmo "Ele está na banheira" e não deveria ser sugerido como tradução. Mas será que também não se trata de sentido figurado? Por exemplo, no Brasil, a gente também diz que alguém "está no chuveiro" em vez de dizer que alguém está dentro do banheiro, tomando banho. Enfim, é algo para ser esclarecido...