La niña come fruta и la niña come frutas одно и то же. Это говоря абстрактно, то есть, это обобщение.
PS. comer fruta без артикля, а comerse с артиклем или другим определителем: comerse las frutas, comerse unas frutas. Это конкретная еда.
https://forum.duolingo.com/comment/31467618