Why melyik, not melyek, even though könyvet is plural?
Because adjectives, and question words in an adjective-like role, modifying nouns (in front of nouns) stay singular. Much like in English, actually.
The best version of this would actually be "Mely könyvek színesek?".
Why? What's the difference?
Azt, hogy "melyik könyvek" soha nem szoktam mondani. Azt mondom, hogy "melyik könyv", vagy "mely könyvek"