"He had done this work over the season."

Translation: Il avait réalisé ce travail sur la saison.

[r.o.c.]

'il avait fini ce travail pendant la saison.'

is this acceptable too?

[Sitesurf]

It does not exactly mean the same thing: "il avait fini ce travail pendant la saison" means that he could have started that work before the season.