Потому что это 3-е лицо - он, она, оно - в таких случаях всегда добавляется окончание -s к глаголам.

плохо

"Бегает" более правильный (наиболее вероятный). Просто многие русские не чувствуют разницу, а на таком начальном этапе она не настолько критична.

В английском это время (Present Simple) используется для передачи действия вообще, регулярного действия. Если имеется в виду, что человек бежит прямо сейчас, это "He is running" (форма глагола to be + глагол с окончанием -ing).

В русском "бежит" редко используется в значении регулярного действия. Один из случаев, когда так можно — регулярное движение строго в одну сторону ("До школы он всегда бежит, а домой уже едет на трамвае" — здесь как раз "бегает" не очень красиво звучит).

Проблем пользователям также добавляет тот факт, что в этом курсе второе время (He is running) появляется "случайно" и очень-очень поздно. А до этого он полнится предложениями, где Present Simple используется крайне странно, и лучше было бы использовать Continuous-время. Это, надеюсь, поправится, когда нам дадут возможность делать свои предложения и навыки.