kun je deze zin ook formuleren als 'have I not paid you today?'
Ja, of "Haven't I paid you today?" - alle 3 opties zijn m.i. gelijk.
Dat is de normale zinsvolgorde om een vraag te stellen. Er is niet echt een reden waarom Duolingo dat om zou moeten draaien (zowel voor het Engels als voor het Nederlands) dus je zin lijkt mij prima.