"La fiŝo estas en la akvo."

[miauricio.]

Por qué aquí no se usa el acusativo? Si el objeto es el agua, el pez es el sujeto y todo eso?????

[Jorge.R.Nogueras]

El verbo "esti" es intransitivo, así que no tiene objeto. En este caso el objeto no es el agua; el agua no se "está"; nadie está "estando" el agua.

[Rori870413]

¿"Fiŝo" también se refiere a "pescado" o solo a "pez?

[Jorge.R.Nogueras]

Sí: en esperanto no se hace esa distinción entre "pez" y "pescado": la diferencia es entre "pez/pescado" ("fiŝo") y "carne de pescado" ("fiŝaĵo").