"¿Tú trabajas también los domingos?"

Sí: debes poner "ankaŭ" justo delante de lo que modifica. "Ĉu vi ankaŭ laboras dimanĉe?" implica que presumes que la persona hace otras cosas los domingos (quizás ir a la iglesia, ir de paseo), y que quieres saber si allende a eso, también trabaja.

Por otro lado, "Ĉu vi laboras ankaŭ dimanĉe?" implica que presumes que la persona trabaja otros días de la semana (quizás de lunes a viernes), y que quieres saber si allende a eso, también trabaja los domingos.