Me ha rechazado la respuesta: "Kiom da gefratoj li havas" que creo que es correcto y lo he reportado.
Tienes razón: "hermanos" en español puede querer decir "hermanos varones" ("fratoj") o "hermanos varones y hembras" ("gefratoj").
¿Estuvo bien en reportar como correcta "Kiom da fratoj havas li?"? Se supone que el orden de la oración no altera el significado
Sí, ese orden es correcto.
Pero aun sigue dando como mala "kiom da fratoj havas li", cuando es correcto gramatical y lexicamente
Simplemente no lo han añadido los creadores del curso. Usa el orden "li havas", que es el más usual de todos modos, y ese sí te lo aceptará.