"There's method in Duo's madness" (há método na loucura do Duo) como Hamlet poderia ter dito, talvez. As regras sobre o uso do subjuntivo são diferentes entre italiano e português. Este é o que observei depois de um par de lições, pelo menos de acordo com o Duo:

Congiuntivo passato italiano
= Pretérito Perfeito Composto do Subjuntivo português

Todos casos (positivos, negativos, perguntas) de verbos como pensar, acreditar, etc (veja nota abaixo):
penso que ... + cong.
= penso/acho que ... + subj.
credi che ... + cong.
= acredita(s) que ... + subj.

subjeito + estar + adjetivo + que
lui è felice che ... + cong.
= ele está feliz que ... + subj.

construções impessoais:
è possibile che ... ecc. + cong.
= é possível que ... etc. + subj.
non si sa come ... ecc + cong.
= não se sabe como ... etc + subj.

Congiuntivo passato italiano
= Pretérito Perfeito Simples do Indicativo português

Negativos de verbos como "saber" e "entender":
non so chi ... ecc + cong.
= não sei quem ... + indic.
Non capisco come lui + cong.
= Não entendo como ele + indic.

perguntar-se:
mi chiedo cosa ... + cong.
= pergunto-me o que ... + indic.

oracões relativos depois de superlativos:
Sei la persona la più famosa che ... + cong.
= ‎É a pessoa mais famosa que ... + indic.
Mais sobre superlativos aqui:
https://www.duolingo.com/comment/25452141

Eu adicionarei outros quando eu encontrá-los. Alguém notou algum?

Nota - Entendo que em italiano sempre se usa o subjuntivo com esses verbos, mas que em portuguès é mais comum usar o indicativo em frases positivas e interrogativas, embora o subjuntivo seja também possível. Portanto, acho que o Duo deveria aceitar ambos nas resposas portuguesas aqui. Não testei para ver se aceitar o indicativo, mais todas as respostas oficiais parecem ser no subjuntivo.