"Queremos que eles deixem as caixas no jardim."

En français, "laisser les caisses au jardin" est complètement équivalent et plus fréquemment utilisé que "laisser les caisses dans le jardin". "Dans" signifie plus volontiers à l'intérieur d'un endroit fermé, comme par exemple dans la boite, dans la maison bien que dans ce dernier exemple on puisse parfaitement dire aussi de façon équivalente, "à la maison"