"Ne, Kion?" Porqué el "Kion" usa el acusativo?
Depende del contexto, puede ser "kio" o "kion": debe aceptar ambas:
Ĉu vi vidis tion? Ne, kion (vi vidis)?
Ĉu vi scias, kio estas tiu aĵo? Ne, kio (estas tiu aĵo)?