¿Alguien puede explicar un poco los cambios de posición dentro de la frase entre verbos y pronombres?. Unas veces van delante del auxiliar otras después, no se, tiene que haber alguna norma general o algo así.

Yo creo que tendría que ser: Why do not you have eaten?

Esto no es Present Perfect? Con el have como auxiliar y el verbo en participio (eaten). Si fuera pasado el auxiliar debería ser "had"

Sería had si la pregunta fuera: Por qué no habías comido?

No esta correcto "Why haven`t you had lunch?"???

Por qué no puede ser: Why did not you eaten?