Quem agradece, agradece "alguém" (objeto direito) "por alguma coisa" (objeto indireto). Não seria mais correto: Ŝi dankas lian patrinon pro la manĝo (?)
Sabidamente, o verbo AGRADECER é um daqueles que têm regência múltipla, conforme o sentido que tenha no contexto oracional. A situação é bem mais simples em Esperanto, mesmo porque podemos usar o acusativo para evitar a estrutura dativa, suprimindo a preposição.