No. Se trata del verbo impersonal haber.
muchas piedras es el Objeto Directo del verbo (impersonal), no su sujeto.
"Habían muchas piedras." es erróneo.

Ejemplos:

• Presente (indicativo): se dice Hay muchas piedras. y no "Han muchas piedras.*,
• Imperfecto (indicativo): se dice Había muchas piedras. y no "Habían muchas piedras.*,
• Futuro (indicativo): se dice Habrá muchas piedras. y no "Habrán muchas piedras.*.

R.A.E.:

[...] Puesto que el sustantivo que aparece en estas construcciones es el complemento directo, el hecho de que dicho sustantivo sea plural no supone que el verbo haya de ir también en plural, ya que la concordancia con el verbo la determina el sujeto, no el complemento directo. [...] : «Había muchos libros en aquella casa» (Ocampo Cornelia [Arg. 1988]); «Había unos muchachos correteando» (VLlosa Tía [Perú 1977]); «Hubo varios heridos graves» (Valladares Esperanza [Cuba 1985]); «Habrá muchos muertos» (Chao Altos [Méx. 1991]). [...] No obstante, la excepcionalidad que supone la existencia de un verbo impersonal transitivo, [...], explica que muchos hablantes interpreten erróneamente el sustantivo que aparece pospuesto al verbo haber como su sujeto y, consecuentemente, pongan el verbo en tercera persona del plural cuando dicho sustantivo es plural [...]

Nota: El uso de colores es mío, no de la R.A.E.