O pronome deveria ser Ĝi ao invés de Ŝi, pois leteroj é algo inanimado, sendo mais apropriada a utilização de Ĝi que é o pronome neutro
No caso é Ili por ser plural (elas). Mas, sim, se fosse singular, deveria ser ĝi.
Por que belaj e leteroj ao invés de belajn e leterojn?
Não usamos acusativo quando o verbo é "esti".
Esse não é um caso de objeto direto. "belaj leteroj" é, sintacticamente, predicativo do sujeito (que é ili, no caso). Não sei me aprofundar mais do que isso.