Comia = pretérito imperfeito. Comeu = pretérito perfeito. Ambas as construções verbais estão corretas, logo "Ele não comia comida saudável, ou "ele não comeu comida saudável", quando ele estava de férias", está correto.
por que comia comida saudável está errado ( eu comi , tu comeste , ele comia ou comeu ) , por que a gente tem que adivinhar a forma exigida pelo duolingo .