"O que aquilo significa?"

Tradução: What does that mean?

[TassyoBrito]

No português correto a ordem não faz diferença:
O que aquilo significa?
O que significa aquilo?

Uma dica em relação ao auxiliar: para pronomes no singular utilize DOES. (Equivalente a he/she/it)
Para pronomes no plural utilize DO. (Equivalente a they)

[Fernandolul]

a

[FalconEstrela]

Não pode ser: What is that means?

[James41780]

Não pode. Não existe o verbo ser/estar na frase.
O verbo do (does) funciona como verbo auxiliar na estrutura interrogativa, não tendo uma tradução direta para o português.
E note que ele recebe o "s" (does), por isso o "mean" não recebe.

[JorNish]

o "Does" no caso está para it (mean) ?

[James41780]

Olá DontRushFornoth, não.

"mean" é um verbo (significa).

Exemplos com outros verbos:

What does that do? = O que aquilo faz?

What does that look like? = O que aquilo se parece?

O "does" no caso é por causa do "that" (aquilo), que no fundo pode ser entendido como um "it" também. Ou seja, é algo na 3a pessoa do singular.