Then e so tem significados próximos. Then é mais usado como contagem/sequência de eventos no passado. Ex: She asked me to go out then I said yes, why not? Também quando uma pessoa responde/fala a outra, mas nesse caso, usualmente, aceita-se os dois: We get bad grades then/so we need to study harder.

So é mais usado quando é a mesma pessoa: Damn! I don't have any money so I have to find another way. Também é mais usado como consequência: Our team lost so let's go back home. Ainda tem o caso do intensificador tão: It was so nice.

É meio confuso, no inglês de rua já vi gente usando os dois, por exemplo, já vi numa "discussão" o cara falando para a menina: "Then what?" e também "So what?" Geralmente é isso, mas não esqueça, numa contagem de eventos, como ao contar uma história ou falar uma receita de bolo, por exemplo, use mais then than so. :)

Then = então.

Penso que não, uma vez que são sinónimos.