"Le serpent est un animal."

As duas pronúncias estão corretas. O -t de est não é pronunciado quando essa palavra está isolada ou é seguida de consoante. A pronúncia fica apenas é. Porém, quando seguida de vogal ou -h mudo, o -t pode ser sonoro ou não.

O fenômeno que faz o -t ser pronunciado se chama liaison. A liaison entre verbo e complemento costuma ser opcional (pode ocorrer ou não), mas, tratando-se do verbo être, o mais comum é que ela ocorra.

Porque serpent é um substantivo masculino em francês. Você deve considerar o gênero das palavras em francês.